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當(dāng)前位置:首頁技術(shù)文章InGex TGIRT5x50 說明書

InGex TGIRT5x50 說明書

更新時(shí)間:2017-08-14點(diǎn)擊次數(shù):1992

世界*實(shí)驗(yàn)材料供應(yīng)商 InGex正式授權(quán)上海起發(fā)為其中國代理, InGex在一直是行業(yè)的*,一直為廣大科研客戶提供zui為的產(chǎn)品和服務(wù),上海起發(fā)一直秉承為中國科研客戶帶來的產(chǎn)品,的服務(wù),簽約 InGex就是為了給廣大科研客戶帶來更加完善的產(chǎn)品和服務(wù),您的滿意將是我們zui大的收獲

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InGex.com是Ingex有限責(zé)任公司的所在地,也是TGIRT™-III獨(dú)立酶和TGIRT™模板切換RNA-seq試劑盒的*授權(quán)銷售商。

  •  

  • TGIRT™-III Enzyme

  •  

*規(guī)格:

  •  10 Reactions (TGIRT10)
  •  50 Reactions (TGIRT50)
  •  5 x 50 µl (TGIRT5x50)
  •  10 x 50 µl (TGIRT10x50)

單位定義:

  • TGIRT的一個(gè)單元® -III逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)活性是酶的使用聚在60℃下聚合1納摩爾的dNTP的在1分鐘(RA)所需要的量/寡(dT)42作為底物。

酶濃度:

  • 200單位/μl

酶儲(chǔ)存緩沖液:

  • 20mM Tris-HCl(pH7.5),500mM KCl,1mM EDTA,1mM DTT,50%甘油

酶性質(zhì)和新型活性:

  • 比逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶更高的熱穩(wěn)定性,持續(xù)性和保真度,允許從高度結(jié)構(gòu)化或嚴(yán)格修飾的RNA進(jìn)行全長的端到端cDNA合成。1
  • 新的端對端模板切換活動(dòng),其能夠在逆轉(zhuǎn)錄過程中連接RNA-seq或PCR適配器,并且不再需要單獨(dú)的RNA 3' - 銜接子連接步驟。1這種模板切換活動(dòng)大大促進(jìn)了鏈特異性RNA-seq文庫的構(gòu)建,其偏倚偏差小于使用隨機(jī)六聚體引物的方法,或者使用RNA連接酶進(jìn)行銜接連接。1,4,7,8
  • 退火引物有效的cDNA合成 將退火的引物應(yīng)具有推測的T  > 60 ö下用在反應(yīng)混合物中基板在室溫下,通過加入dNTP的反應(yīng)開始30分鐘酶的建議預(yù)孵育。新應(yīng)用的*條件應(yīng)通過測試25至450 mM NaCl的鹽濃度范圍來確定。

酶的建議用途:

  1. 綜合股特異性轉(zhuǎn)錄組分析。8
  2. 全細(xì)胞,外來體,血漿和其他無細(xì)胞RNA的RNA-seq。7,8
  3. miRNA和其他小型非編碼RNA的分析。1,11,14
  4. 通過高通量測序鑒定RNA堿基修飾。4,5,12,13
  5. RIP-seq,HITS-CLIP,CRAC,??核糖體分析。1,9
  6. 使用諸如SHAPE和DMS修飾之類的方法進(jìn)行RNA結(jié)構(gòu)映射。1,15
  7. 長cDNA的合成 1
  8. RT-qPCR的。1
  9. 用于表征RNA-蛋白質(zhì)相互作用的irCLIP。9
  10. DMS-MaPseq用于全基因組或靶向RNA結(jié)構(gòu)體內(nèi)探測15
  11. FFPE腫瘤樣本分析(咨詢InGex)
  12. 通過TGIRT®模板切換的單鏈DNA-seq(參見InGex)

酶的優(yōu)點(diǎn):

  1. 綜合轉(zhuǎn)錄組分析比傳統(tǒng)方法更少的偏差。

    根據(jù)zui近的出版物,核糖核酸裂解的片段化通用人參考RNA樣品的TGIRT-seq 概括了與非鏈特異性TruSeq v2相比較的人轉(zhuǎn)錄本和尖峰的相對豐度,優(yōu)于鏈特異性Tru-Seq v3。TGIRT®-seq比TruSeq v3顯著更強(qiáng)的鏈特異性,并消除TruSeq固有的隨機(jī)六聚體啟動(dòng)的取樣偏差。TGIRT®-seq顯示更均勻的5'至3'基因覆蓋,并識(shí)別比TruSeq更多的剪接點(diǎn)。TGIRT®-seq可以在與結(jié)構(gòu)化小ncRNA(包括tRNA)相同的RNA序列中同時(shí)進(jìn)行mRNA和mRNA的分析,這些tRNA基本上不存在于TruSeq數(shù)據(jù)集中。8

  2. 全細(xì)胞,外來體,血漿和其他細(xì)胞外RNA的RNA-seq。

    快速處理時(shí)間(通過PCR步驟對RNA-seq文庫構(gòu)建<5小時(shí)); 需要少量RNA(低ng范圍); 全面的轉(zhuǎn)錄譜,包括mRNA和lncRNA以及小ncRNA,包括tRNAs,pre-miRNAs和其他結(jié)構(gòu)化小ncRNA的全長讀數(shù); 較常規(guī)方法較少的偏差和較大的鏈特異性。7,8

  3. 比逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更高的持續(xù)性和鏈置換活性。

    • 使用錨定寡核苷酸(dT)引物構(gòu)建多聚腺苷酸化RNA的RNA-seq文庫,具有比沒有核糖核酸步驟的逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更均勻的5'至3'覆蓋率。1
    • 通過基于毛細(xì)管電泳的方法,如SHAPE或DMS結(jié)構(gòu)圖,通過顯著的長度讀取長度和比逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更少的過早停止來實(shí)現(xiàn)RNA結(jié)構(gòu)測繪。1
    • 使得可以獲得tRNA和其他小的ncRNA的全長的端到端cDNA,這些cDNA對于逆轉(zhuǎn)錄病毒RT是難治的。4-7
  4. 通過TGIRT®模板切換的RNA-seq文庫構(gòu)建,如miRNA分析,RIP-seq,HITS-CLIP,CRAC,??核糖體分析等方法。

    快速處理時(shí)間(通過PCR步驟對RNA-seq文庫構(gòu)建<5小時(shí)); 需要少量RNA(低ng范圍); 不需要RNA連接酶,通過在該過程中具有較少的步驟,偏倚較小并且更有效。

參考文獻(xiàn):

    1. Mohr,S.,Ghanem,E.,Smith,W.,Sheeter,D.,Qin,Y.,King,O.,Polioudakis,D.,Iyer,VR,Hunicke-Smith,S.Swamy, Kuersten,S.and Lambowitz,AM Thermostable group II intron reverse transcriptase fusion proteins and their use in cDNA synthesis and next generation RNA sequencing。RNA 19,958-970,2013。
    2. Collins,K。和Nilsen,T. Enzyme engineering through evolution:熱穩(wěn)定重組II內(nèi)含子逆轉(zhuǎn)錄酶為RNA研究和生物技術(shù)提供了新的工具。RNA 19,1017-1018,2013。
    3. Enyeart,PJ,Mohr,G.,Ellington,AD和Lambowitz AM移動(dòng)組II內(nèi)含子及其逆轉(zhuǎn)錄酶的生物技術(shù)應(yīng)用:基因靶向,RNA-seq和非編碼RNA分析。 DNA 5:2,2014。
    4. Katibah,GE,Qin,Y.,Sidote,DJ,Yao,J.,Lambowitz,AM和Collins,K.Ban and adaptability RNA structure recognition by the human interferon-induced tetratricopeptide repeat protein IFIT5。PROC。國家科??茖W(xué)院??茖W(xué)。,USA,  111,12025-12030,2014。  
    5. Shen,PS,Park,J.,Qin,Y.,Li,X.,Parsawar,K.,Larson,MH,Cox,J.,Chen,Y.,Lambowitz,AM,Weissman,JS,Brandman,O. ,和Frost,A.Rqc2p和60S核糖體亞基介導(dǎo)新生鏈的mRNA非依賴性伸長??茖W(xué)347,75-78,2015年。
    6. Zheng,G.,Qin,Q.,Clark,WC,Yi,C.,He,C.,and Lambowitz,AMand Pan,T.Efficient and quantitative high-throughput transfer RNA sequencing。Nature Methods,12,835-837,2015。
    7. Qin,Y。,Yao,J。,Wu,D。,Nottingham,R.,Mohr,S,Hunicke-Smith,S.,Lambowitz,AM,High-throughput sequencing of human plasma RNA by using thermostable group II intron reverse酶。RNA 22,111-128,2016。
    8. Nottingham,RM,Wu,DC,Qin,Y.,Yao,J.,Hunicke-Smith,S.,and Lambowitz,AM RNA-seq of human reference RNA samples using a thermostable group II intron reverse transcriptase。RNA,22,597-613,2016。
    9. Zarnegar,BJ,F(xiàn)lynn,RA,Shen,Y.,Do,BT,Chang,HY和Khavari,PA irCLIP platform for characterization of protein-RNA interactions。Nature Methods 13,489-492,2016。
    10. Haque,N.和Hogg,JR更容易,更好,更快,更強(qiáng):改進(jìn)的RNA-蛋白質(zhì)相互作用研究的方法,Mol。Cell,2016 http //dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.05.019
    11. Bazzini,AA,del Viso,F(xiàn).,Moreno-Mateos,MA,Johnstone,TG,Vejnar,CE,Qin,Y.,Yao,J.,Khokha,MK和Giraldez,AJ Codon identity regulates mRNA stability and translation efficiency在產(chǎn)婦到合子過渡期間。EMBO J. 35,2087年至2103年,2016。
    12. Clark,WC,Evans,ME,Dominissini,D.,Zheng,G.and Pan,T.tRNA base methylation identification and quantification via high-throughput sequencing。RNA 22,1771年至1784年,2016。
    13. Liu et al。ALKBH介導(dǎo)的tRNA去甲基化調(diào)節(jié)翻譯。細(xì)胞167, 816-828,2016年,
    14. Burke,JM,Kincaid,RP,Nottingham,RM,Lambowitz,AM和Sullivan,CS DUSP11對三磷酸化轉(zhuǎn)錄物的活性促進(jìn)Argonaute與非病毒性病毒微小RNA的結(jié)合并調(diào)節(jié)細(xì)胞非編碼RNA的穩(wěn)態(tài)水平。基因與發(fā)育30,2076年至2092年,2016年
    15. Zubradt,M.,Gupta,P.,Persad,S.,Lambowitz,AM,Weissman,JS和Rouskin,S.DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo。自然方法10.1038 / nmeth.4057,2016。

 

產(chǎn)品報(bào)價(jià)如下:

貨號(hào) 品名 規(guī)格 價(jià)格  品牌 
TGIRT10TGIRT™-III Enzyme10 ul2011 InGex
TGIRT50TGIRT™-III Enzyme50 ul6635 InGex
TGIRT 5 x 50TGIRT™-III Enzyme5 x 50 ul29998 InGex
TGIRT 10 x 50TGIRT™-III Enzyme10 x 50 ul57118 InGex

 

我們公司zui大優(yōu)勢是強(qiáng)大的采購,

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